苌葶郡主为安抚哥哥失去爱妻的伤痛，找来李时珍，并和他跑遍蕲州，销毁了全城所有药店中被人们误认为是黄精的钩吻。之后，郡主和李时珍回忆起童年一次难忘的相遇，二人从此成为好友，常常出游郊外。荆王妃见郡主神情异样，便开始给她张罗婚事。郡主坚持不嫁，提出李时珍才是自已的最爱。王妃叫来李言闻一番羞辱，要求他管束好自已的儿子。从此李时珍和苌葶都被家里严管起来。
世子朱成翊自爱妻去世后就常常在翠花楼酗酒鬼混。王府祭祖大典在即，世子的随从何三求郡主出面把世子朱成翊叫回家。苌葶答应了何三的请求，但要何三带她去见李时珍一面。李时珍和苌葶相见互诉衷肠，然后一起去翠花楼找世子。面对醉生梦死的哥哥，苌葶痛楚万分。世子醉眼朦胧，见李时珍在场，便好一番羞辱。李时珍拂袖而去，对父亲发誓不再见苌葶。
李时珍第6集剧情介绍李家医馆来了一位经过特殊打扮的不速之客，坚持要李时珍为她看病。李言闻叫来李时珍，来人露出真面目，原来是朱苌葶。李时珍见是苌葶拔腿便走，苌葶一路追出来，在街上长葶摔倒把脚扭伤，李时珍才心软地来扶起她，两人和好如初，约定等李时珍考取功名后再嫁他。
朝中大臣严蒿托人来荆王府为公子严世蕃说媒，这正中王妃下怀，世子和王爷、王妃一起向郡主苌葶施压，苌葶不为所动。王妃不得已答应女儿，如果李时珍考取功名，便同意这门婚事;如果李时珍考不中，苌葶便乖乖嫁到严家。李时珍去武昌参加乡试，偶遇楚王世子并与他结为至交。朱成翊为拆散李时珍和苌葶这对恋人，让何三想办法让李时珍落榜并身败名裂。
李时珍第7集剧情介绍李时珍来到考场，却因错过时间不得进场，但他急中生智利用楚王世子赠送给他的腰牌总算进去顺利参加了考试。
贡院的阅卷房内，当主考官冯天驭对一份卷子大加赞赏之后，很快又看到了另一份内容与之完全相同的卷子。这让他顿生疑惑，很快查出这两份卷子分别是李时珍和一个叫乔生的。乔生已经不知去向，李时珍被抓来审问。面对一身正气的李时珍，冯天驭相信不是他作弊。经过周密地调查，他终于明白是荆王府在陷害李时珍。冯天驭不敢得罪荆王府，明确告诉李时珍是冤枉的，但他也无能为力。他劝李时珍三年之后再来考试，那时一定帮他。李时珍见官场黑暗，无心涉足仕途，便断然拒绝。
李时珍第8集剧情介绍李时珍落榜还被扣上个舞弊的帽子，回到家中，几乎崩溃。从小一起长大并一直暗恋李时珍的斯语，在李时珍房门口守了三天三夜也不见他出房门半步。苌葶出现，一番话让李时珍含泪走出房门。斯语见状，十分伤心。苌葶对李时珍的信任使李时珍重新燃起生活的信心，他们相约私奔远走他乡。朱成翊良心发现，被妹妹和李时珍的爱情所感动，帮助他们逃出了蕲州。
但是，李时珍和苌葶几经周折，历经磨难，终究未能逃脱王府的追捕。苌葶在路上染病，被抓回之后便卧床不起。李时珍在王府遭受酷刑，加上担心长葶，气郁致病已是奄奄一息。李言闻和李行义到王府求情，李行义要求自己留下代兄受罚，让病危的哥哥回家治病，荆王准许。
